如何面對(duì)修飾肽定性的高FDR
　　通常我們說(shuō)的1% FDR是針對(duì)整個(gè)數(shù)據(jù)集的結(jié)果，而不是針對(duì)單個(gè)匹配的。相對(duì)于高得分來(lái)說(shuō)，低得分匹配很可能是錯(cuò)誤的。如果我們從低于30分的結(jié)果中取出一部分結(jié)果看它們的FDR，那么其FDR一定高于1%，而從50分以上結(jié)果中取出一部分的話，一定是小于1%FDR的。從上面表格可以看得非常明顯。比如，99%的錯(cuò)誤匹配都低于50分。

　　如果我們提取數(shù)據(jù)子集的標(biāo)準(zhǔn)和得分有一定的相關(guān)性，那么結(jié)果一定也是類似的。表格中我們可以看到較短的肽段的FDR會(huì)明顯過(guò)高。平均正確肽段的長(zhǎng)度是15，而錯(cuò)誤匹配的是9，而且67%的錯(cuò)誤匹配都短于10個(gè)氨基酸，正確的肽段中相應(yīng)比例才15%。這是因?yàn)殡亩未蚍峙c其長(zhǎng)度相關(guān)，越長(zhǎng)的肽段能夠得到越多的離子匹配。因此，數(shù)據(jù)子集如果選擇的是9個(gè)氨基酸以下的肽段，會(huì)得到極高的FDR值。

　　同樣的，可變修飾的數(shù)量也是非常重要的因素。修飾肽正確結(jié)果中只有3%的匹配包含可變修飾，而41%的錯(cuò)誤匹配包含可變修飾。這并不是因?yàn)榭勺冃揎椀臄?shù)量和肽段得分有關(guān)，而是因?yàn)殡S機(jī)匹配中可變修飾的可能性太多了。

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